• Versuch 0 : Einführung in Unix/Linux und allgemeine Hinweise (pdf).
• Versuch 1: Bewegung von Molekülen : Translation und Rotation (pdf).
• Versuch 2: Bestimmung der Rotationsbarriere im Ethan (pdf).
• Versuch 3: Modellierung der Struktur von Proteinen(pdf).
  • Geometrie von Alanintripeptid im Tinker-Format(xyz)
• Versuch 4: Molekühe in Bewegung : Schwingungen und Molekulardynamik (pdf).
  • Falls euer Tinker selbst ein Movie-File ausspuckt müssen zwei Strukturen dieses Files oder eine Struktur des vibrationsfiles und die Ausgangsstruktur voneinander abgezogen werden um den entsprechenden Bewegungsvektor zu erhalten. extract_vibvec.py erledigt dies.(Nimmt das Ausgangsstrukturfile test.xyz und die erste Struktur des Vibrationsfiles test.vib) Achtet darauf die Namen der Files entspreched anzupassen.
• Versuch 5: Simulationen Molekularer Ensemble - Monte-Carlo-Verfahren (pdf).

• mm_ws0708@gmx.de

Beachten Sie die geänderten Abgabefristen !!!

• Die Übungsaufgaben werden bepunktet.
  • Es müssen mindestens 50% der möglichen Punkte erreicht werden um zur Klausur zugelassen zu werden.
  • Es müssen hierfür in jedem Versuch mindestens 30 % der Punkte erreicht werden.

Klausur :

• FR, 29.02.2008
  • Benotung :
    • Die Klausurnote ergibt als Summe aus 45 Punkten theoretischem und 30 Punkten praktischem teil
    • Zum Bestehen müssen 22.5 Punkte (theoretischer Teil) + 15 Punkte (praktischer Teil) = 37.5 Punkte erreicht werden.
    • Es wird ein Bonussystem geben, dass auf den Übungsaufgaben begründet ist. Die genauen Modalitäten werden noch bekanntgegeben.
• Klausurergebnisse (pdf)
• Klausureinsicht:
  • Do, 17.04.08 von 10:00 bis 11:45 in Raum 3'313
• Nachklausur:
  • voraussichtlicher Termin : 24.04.08 9:00

Skript zur Vorlesung

• Molecular Modelling (pdf)

Python unter Windows

• Für alle Studenten, die zu Hause in Windows Python mit den zugehörigen Modulen installieren wollen, empfehlen wir folgende Programme und Module, die volle Kompatibilität sicherstellen:
  
  • 1. Datei python-2.4.4.msi von http://www.python.org/download/releases/2.4.4/
  • http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/numpy/numpy-1.0rc2.win32-py2.4.exe; alternativ auch :
    http://kent.dl.sourceforge.net/sourceforge/numpy/numpy-1.0.win32-py2.4.exe
  • http://prdownloads.sourceforge.net/numpy/Numeric-24.2.win32-py2.4.exe?download
  • http://prdownloads.sourceforge.net/matplotlib/matplotlib-0.87.7.win32-py2.4.exe?download
  
  
  
• Dateien mit der Endung .py sollten automatisch mit Python assoziiert sein. Der Editor der Wahl ist Idle (kommt mit Python 2.4 mit). In diesem Editor kann man ein neues Fenster öffnen (File--New Window...), in welches dann das Python-Programm (ohne die erste Zeile #!/usr/bin/python) geschrieben und mit F5 gestartet werden kann. Die Ausgabe erscheint in dem zweiten Fenster.